他のシステム会社でもWEBAPIを利用しているのですが問題ありませんか？

必要となる各詳細APIが動作していれば問題ございません。

他社さまと共通のAPIを利用する事となります。
他社都合でライセンスキーを変更する場合であっても、EC-UPのダッシュボード画面で設定変更が必要です。