一時的に消えてしまいますが、次回更新時に復元されます。
再設定の必要はありません。
EC-UPでは、楽天市場の説明文にタグを設置します。
その後compass(コンパス) やビーノなどの制作ツールで、EC-UPのタグが含まれないデータにて、商品ページを修正・反映するとEC-UPの表示内容は消えてしまいます。
しかしながらEC-UPの定期更新時に自動で復元されますので、再設定のお手間はかかりません。
おまかせ機能をONにしていると、利用画像数を変更したとしても残り画像数を考慮して復元しますので、オススメです。