はい、先祖返りしません。
EC-UPでは、1商品ごとの商品情報を1秒程度で更新しております。その間に先祖返りする事はありません。
ショップさまの運営体制によっては、午前中にitemCSVをダウンロードし、午後にアップロードする事があるかと思われます。
その間にEC-UPで更新している場合、ショップさま側で、EC-UPの自動更新部分を先祖返りさせてしまう可能性はございます。
しかしその場合であっても、次のEC-UP更新のタイミングにてEC-UP部分のみ再度更新をかけますので、ショップさまの作業内容が失われることはありません。
EC-UPの更新部分は気にせず、通常通り作業いただいて問題ありません。