はい、できます。
EC-UPにログイン後、左メニューの「表示・デザイン」＞非表示商品設定 より非表示にしたい商品を、商品管理番号と商品名の部分一致にて指定することができます。
また、楽天市場の商品設定にて「検索非表示」にした商品につきましても表示いたしません。
EC-UPでは、売り切れの商品、倉庫指定の商品も表示いたしませんので、
販売中で非表示にしたい場合には、非表示商品設定もしくは楽天市場の検索非表示をご活用くださいませ。
非表示の設定を保存した場合、次回更新時に反映します。
反映時間は、何時に更新されますか？をご確認ください。